Yeraltısuyu modelleme çalışmaları, akifer sistemlerinin zamana, su kullanımına ve dış etkilere bağlı davranışının sayısal olarak değerlendirilmesi amacıyla yürütülmektedir. Bu kapsamda yeraltısuyu akım yönü, seviye değişimleri, debi koşulları, yüzey suyu–yeraltısuyu etkileşimi ve su kalitesi parametreleri modelleme ortamında analiz edilmektedir. Geliştirilen akım ve taşınım modelleri ile farklı kullanım, çekim, deşarj, kirletici yayılımı ve müdahale senaryoları değerlendirilerek madencilik, çevresel etki değerlendirme, su kaynakları yönetimi ve jeotermal sistem planlamalarına teknik altyapı sağlanmaktadır.